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基于加权基因共表达网络分析挖掘舌鳞状细胞癌的关键基因

Identification of Hub Genes in Tongue Squamous Cell Carcinoma Based on Weighted Gene Co-expression Network Anal- ysis

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资源类型:

收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心

机构: [1]河北医科大学第四医院口腔科,河北石家庄050011 [2]河北省石家庄市第三医院口腔科,河北石家庄050011
出处:
ISSN:

关键词: WGCNA 舌鳞状细胞癌 发病机制 hub基因

摘要:
目的:舌鳞状细胞癌(TSCC)是头颈部最常见的恶性肿瘤之一,其分子机制尚不清楚.挖掘与舌鳞状细胞癌(TSCC)密切相关的hub基因,为揭示TSCC发病机制提供理论依据.方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE34105数据,通过WGCNA筛选关键模块,Cytoscape计算模块网络中节点的拓扑参数筛选hub基因,生存分析用于hub基因的外部验证,通过GO和KEGG富集分析和GSEA分析获取hub基因参与的生物过程.结果:获得与TSCC最密切相关的turquoise模块(Cor=0.88,P<0.05).cytoscape筛选获得2个hub基因分别为CAP1和TMBIM6,是预后的不良因素,它们的高表达与患者生存期缩短显著相关(P<0.05).GSEA分析它们高表达组主要参与了半胱氨酸和蛋氨酸代谢、霍乱弧菌感染、氧化磷酸化、DNA复制、基底切除修复、细胞减数分裂、蛋白质生成、果糖和甘露糖代谢、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导.结论:本研究通过构建基因共表达网络筛选出2个hub基因,可能成为潜在的TSCC基因基因生物标志物,影响TSCC的发生及预后.

语种:
第一作者:
第一作者机构: [1]河北医科大学第四医院口腔科,河北石家庄050011
通讯作者:
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