目的：分析比较荧光原位杂交（FISH）与免疫组织化学（IHC）检测乳腺癌组织 HER-2基因扩增或蛋白表达情况。方法选择2008年1月至2012年5月行改良根治术的乳腺癌患者110例，对手术切除的乳腺癌组织均予以FISH与IHC检测，对检测结果进行比较分析。结果110例乳腺癌组织中 H ER-2蛋白表达为（＋＋＋）者25例（22．73％）；（＋＋）者44例（40．00％）；（＋）者26例（23．64％）；（-）者15例（13．64％）。110例乳腺癌组织中 H ER-2基因扩增28例（25．45％），无扩增82例（74．55％）。IHC检测阳性（＋＋＋）与FISH的阳性符合率一致，IHC检测阴性（＋/-）与FISH的阴性符合率一致，IHC检测可疑阳性（＋＋）与FISH结果比较，差异有统计学意义（P＜0．05）。但IHC检测结果与 FISH检测结果的总符合率为89．29％（25/28），两种检测方法呈正相关（χ2＝84．89，P＜0．01）。结论 IHC阳性及阴性表达，与FISH检测结果具有较好一致性。IHC可疑阳性表达，与FISH检测结果的一致性较差，提示IHC检测可疑阳性标本需再以FISH检测。