[目的]应用生物信息学技术鉴定胃肠间质瘤（GISTs）中差异表达的长链非编码RNA（lncRNA）和m RNA,并对其功能进行初步分析。[方法]在GEO数据库检索GISTs表达情况,并进行主成分分析、靶分子鉴定、GO和KEGG富集分析等;qPCR法检测10例临床GISTs组织及正常黏膜组织中部分差异分子的表达情况,对数据库结果进行验证。[结果]热图分析显示,差异表达在GISTs组织及正常黏膜分析识别出293个差异表达的lncRNA和452个差异表达的mRNA。应用皮尔森相关分析进行trans调控筛选,分析相关性水平,发现前30%的lncRNA和mRNA存在互作对,这些差异表达的lncRNA和mRNA通过靶分子作用参与了GISTs的细胞增殖及细胞迁移等生物学功能,其中lncRNA VCAN-AS1和AMPD3 mRNA在GISTs中表达高于正常黏膜,且可能存在相互作用。对lncRNA VCAN-AS1和AMPD3 mRNA在GISTs中表达进行验证显示,lncRNA VCAN-AS1和AMPD3 mRNA在GISTs中表达（2.762±1.593,1.545±1.162）高于正常黏膜（0.506±0.183,0.702±0.155）（t=4.449,P (0.001;t=2.274,P=0.035）,GISTs组织中lncRNA VCAN-AS1与AMPD3 mRNA表达呈正相关（r=0.9273,P(0.001）,与生物信息学分析结果一致。[结论] GISTs中存在lncRNA和mRNA的差异表达,lncRNA VCAN-AS1和AMPD3可能通过lncRNA-mRNA调控机制参与了GISTs的发生和进展。