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基于加权基因共表达网络分析鉴定肾透明细胞癌免疫相关基因

Identification of immune-related genes in renal clear cell carcinoma based on weighted gene co-expression network analysis

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资源类型:

收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心 ◇ 中华系列

机构: [1]河北医科大学第四医院手术室,石家庄 050011 [2]河北医科大学第四医院泌尿外科,石家庄 050011
出处:
ISSN:

关键词: 肾透明细胞癌 加权基因共表达网络分析 预后 肿瘤免疫

摘要:
目的:应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法鉴定肾透明细胞癌(ccRCC)的关键基因及免疫通路,并进行初步验证。方法:在癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载ccRCC的RNA-seq表达数据和临床数据,使用Wilcoxon检验和fold change方法筛选差异表达基因。基于Metascape对差异表达基因进行富集分析;使用R包survival功能进行生存分析;使用R包WGCNA功能进行WGCNA分析。取30例患者的肿瘤组织及正常肾组织,实时荧光定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测筛选出基因的mRNA水平。应用R软件分析网络数据,采用 t检验、Spearman相关分析等方法进行统计分析。 结果:肿瘤和正常肾组织的差异基因筛选结果显示,肿瘤组织中有2 943个基因表达增高,2 669个基因表达降低。对这些基因进行生存分析,得到882个与患者预后显著相关的基因。进一步对影响生存的基因进行WGCNA分析,得到5个重要网络模块,富集分析结果显示turquoise模块与免疫功能相关。其中的免疫相关基因细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA4)、CD276、细胞间黏附分子-1(ICAM1)均与程序性死亡受体1(PD-1)表达正相关( r=0.80、0.24、0.46,均 P<0.01)。RT-qPCR结果显示,肿瘤组织中PD-1、CTLA4、CD276、ICAM1的mRNA(2.74±0.90、3.42±1.00、1.57±0.13、0.86±0.20)均高于正常肾组织(0.73±0.19、0.41±0.15、0.34±0.13、0.23±0.05, t=11.56、15.75、35.40、16.17,均 P<0.01);CTLA4、ICAM1均与PD-1表达呈正相关( r=0.58、0.43, P<0.05)。 结论:免疫检查点基因CTLA4、ICAM1通过与PD-1的共同作用在ccRCC进展过程中发挥重要作用。

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第一作者:
第一作者机构: [1]河北医科大学第四医院手术室,石家庄 050011
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通讯机构: [2]河北医科大学第四医院泌尿外科,石家庄 050011
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