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◇ 中华系列
文章类型:
机构:
[1]河北医科大学第四医院手术室,石家庄 050011
临床科室
手术室
河北医科大学第四医院
[2]河北医科大学第四医院泌尿外科,石家庄 050011
临床科室
泌尿外科
河北医科大学第四医院
出处:
ISSN:
关键词:
肾透明细胞癌
加权基因共表达网络分析
预后
肿瘤免疫
摘要:
目的:应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法鉴定肾透明细胞癌(ccRCC)的关键基因及免疫通路,并进行初步验证。方法:在癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载ccRCC的RNA-seq表达数据和临床数据,使用Wilcoxon检验和fold change方法筛选差异表达基因。基于Metascape对差异表达基因进行富集分析;使用R包survival功能进行生存分析;使用R包WGCNA功能进行WGCNA分析。取30例患者的肿瘤组织及正常肾组织,实时荧光定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测筛选出基因的mRNA水平。应用R软件分析网络数据,采用
t检验、Spearman相关分析等方法进行统计分析。
结果:肿瘤和正常肾组织的差异基因筛选结果显示,肿瘤组织中有2 943个基因表达增高,2 669个基因表达降低。对这些基因进行生存分析,得到882个与患者预后显著相关的基因。进一步对影响生存的基因进行WGCNA分析,得到5个重要网络模块,富集分析结果显示turquoise模块与免疫功能相关。其中的免疫相关基因细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA4)、CD276、细胞间黏附分子-1(ICAM1)均与程序性死亡受体1(PD-1)表达正相关(
r=0.80、0.24、0.46,均
P<0.01)。RT-qPCR结果显示,肿瘤组织中PD-1、CTLA4、CD276、ICAM1的mRNA(2.74±0.90、3.42±1.00、1.57±0.13、0.86±0.20)均高于正常肾组织(0.73±0.19、0.41±0.15、0.34±0.13、0.23±0.05,
t=11.56、15.75、35.40、16.17,均
P<0.01);CTLA4、ICAM1均与PD-1表达呈正相关(
r=0.58、0.43,
P<0.05)。
结论:免疫检查点基因CTLA4、ICAM1通过与PD-1的共同作用在ccRCC进展过程中发挥重要作用。
第一作者:
第一作者机构:
[1]河北医科大学第四医院手术室,石家庄 050011
通讯作者:
通讯机构:
[2]河北医科大学第四医院泌尿外科,石家庄 050011
推荐引用方式(GB/T 7714):
李淑军,樊博,苏建志,等.基于加权基因共表达网络分析鉴定肾透明细胞癌免疫相关基因[J].中华实验外科杂志.2023,40(7):1411-1413.