目的 口腔鳞癌（oral squamous cell carcinoma, OSCC）及正常组织的差异表达谱进行全基因组分析。方法 采用全基因组表达谱芯片检测3例OSCC及正常组织的转录本，确定OSCC的lncRNA和mRNA差异表达谱。通过构建差异表达基因的lncRNA-mRNA共表达网络，挖掘网络节点基因。利用GO及KEGG富集分析，探究差异表达lncRNA潜在的生物学功能。通过cis和trans调控角度，预测差异表达lncRNA潜在的靶基因。选取部分差异表达lncRNA,进行qRT-PCR验证。结果 芯片筛选出差异表达lncRNA 2294条和mRNA 1 938条；lncRNA TMPRSS11BNL、lnc-WRN-10∶1是共表达网络的节点基因；GO分析显示，差异表达mRNA富集度的前三GO term是interleukin-1 binding、response to interferon-alpha和establishment of epithelial cell apical/basal polarity; KEGG分析显示，差异表达mRNA主要富集在38种生物学途径，包括许多癌症相关通路；靶基因预测表明，1 470条差异表达lncRNA具有cis或trans调控靶基因的潜能；qRT-PCR验证与芯片结果相一致。结论 lncRNA在OSCC与正常组织中具有差异表达，节点lncRNA是OSCC发病的潜在关键基因。