目的 探究胃癌与慢性萎缩性胃炎的差异基因，发掘具有潜在治疗作用的中药。方法 在GEO数据库下载包含慢性萎缩性胃炎与胃癌基因的芯片数据GSE116312和GSE55696,以P(0.05及|log2FC|≥1为标准对芯片数据进行筛选，得到相关差异基因；通过蛋白互作图的绘制找出关键基因，富集分析得到关键基因所参与的生物过程和通路；在本草组鉴中找到作用于关键基因的最高频次中药并做Meta分析。结果 得出慢性萎缩性胃炎较胃癌低表达的基因36个，高表达的基因23个。生物富集分析这些差异基因主要参与转录调控、炎症反应、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、胃酸分泌等方面。FCER1G、FCGR2A、FCGR3A、MNDA、NCF2、S100A9、AGT、SAA1、SSTR1、VAV3等是慢性萎缩性胃炎向胃癌转化的关键基因。本草组鉴分析得出治疗慢性萎缩性胃炎的中药有沙苑子、丹参、甘草，其中丹参具有活血祛瘀、通行血脉功效，符合慢性萎缩性胃炎发生发展的病机，且临床常用于脘腹疼痛、症瘕积聚等疾病的治疗，故选以丹参为君药的方剂（丹参饮）进行系统评价。经过分析可知丹参饮加减治疗慢性萎缩性胃炎具有确切疗效，且具备统计学意义。结论 该研究发现慢性萎缩性胃炎和胃癌的差异基因主要体现在调控免疫、炎症、细胞增殖与凋亡方面，为后续临床科研实验提供了思路，对治疗慢性萎缩性胃炎中药的系统评价为临床用药提供了依据。